山海关关城
顺治二年（1645年）初，清廷集中军力分两路攻入陕西，一路由英亲王阿济格率领，吴三桂为前锋；一路由豫亲王多铎率领，孔有德为前锋。李自成迎击清军于潼关，经过激烈的战斗，农民军放弃西安，东下湖广。 [214]李自成遭到当地地主武装的袭击，死在通山九宫山。接着清军立刻南下江南，攻灭南明弘光政权。四月二十五日，清军攻占扬州。 [215]五月十六日进入南京， [224]于芜湖擒获弘光帝朱由崧，弘光政权灭亡。 [216]弘光政权被消灭后，顺治三年（1646年），清廷命博洛为征南大将军，率部进攻浙、闽。 [226]朱以海逃亡海上，鲁王政权亡。操纵隆武政权的郑芝龙秘密降清。隆武帝朱聿键逃往江西汀州，清军俘杀朱聿键，隆武政权亡，福建平定。 [227]
当清军占领北京，开始向大顺军进攻时，张献忠于当年十一月在成都建立大西政权，控制四川。顺治三年（1646年），清廷命肃亲王豪格为靖远大将军，击败汉中农民军， [225]于十一月入川。后张献忠被杀。接着，清军分兵出击，连破大西军营130余处，杀伤数万人，占领四川，大西政权亡。 [228]余部由孙可望、李定国等率领，转入云、贵地区继续抗清。同时，李自成死后，大顺军余部与南明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联明抗清。 [44]1652年，李定国率军8万东出广西、下桂林。又攻入湖南、广东，“两蹶名王，天下震动”。刘文秀亦出击四川，克复川南。东南沿海的张煌言等的抗清军队也发动攻势，抗清斗争再次出现高潮。这时孙可望同李定国之间矛盾爆发，破坏了大好形势。孙可望投清后，云贵虚实尽为清军所知。由于华南反清势力较大，清帝册封吴三桂、耿仲明与尚可喜为王以镇守云南、贵州、广东与福建等地，史称“三藩”。1659年，吴三桂率清军攻入云南昆明， [217]1662年，永历帝被杀，南明彻底灭亡。 [43]
清廷稳定之后，顺治七年（1650年），多尔衮去世， [230]顺治帝提前亲政。 [231]为加强皇权，顺治帝废除了诸王贝勒管理各部事务的旧例，又采取了停止圈地，放宽逃人法等一系列缓和民族矛盾的措施。 [229]
多尔衮
步入盛世
1661年，康熙帝玄烨即位。康熙初年，由满族的四位大臣辅政。 [154]康熙八年（1669年）康熙帝擒拿擅权的大臣鳌拜，亲理朝政。 [155]因为三藩割据严重影响国家统一，康熙十二年（1673年），康熙帝撤藩，吴三桂起兵反清，其他二藩相继响应， [45] [141-142]最终在康熙二十年（1681年）平定三藩。 [143]平定三藩之乱后，将台湾纳入版图又被提上日程。康熙二十二年（1683年），康熙以施琅为福建水师提督，出兵攻台，在澎湖大败刘国轩所率领的郑氏海军，随后明郑纳土归降。 [140]康熙二十三年（1684年），清政府在台湾设一府（台湾府）三县，台湾与大陆归为一统。 [139]
康熙帝玄烨
康熙二十四年（1685年），为了彻底消除沙俄侵略，康熙帝命都统彭春赴爱珲，加强黑龙江一带防务。康熙二十四年（1685年）秋，沙俄卷土重来，再次占领雅克萨城。清军击败盘踞雅克萨的俄军，遏制了沙俄侵略的野心。1689年，清朝与沙俄代表签订了《尼布楚条约》，划定了中俄东部边界线。 [47]规定以额尔古纳河-格尔必齐河-外兴安岭为中俄两国东段边界，黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东，包括库页岛均为中国的领土。康熙十七年（1678年），噶尔丹在俄国政府的怂恿支持下，兴兵进攻喀尔喀蒙古土谢图汗部。康熙帝为确保边疆安定，三次亲征漠北。 [148]康熙二十九年（1690年）的乌兰布通之战，清军大破噶尔丹，噶尔丹败归科布多，伺机而动。 [149]康熙三十年（1691年）夏，康熙同喀尔喀与内蒙古的王公们会聚于多伦诺尔，史称“多伦会盟”。此次会盟标志着喀尔喀三部归顺清朝。 [152]康熙三十五年（1696年）康熙帝再次亲征， [150]昭莫多之战，清军击溃噶尔丹主力军队，噶尔丹兵败流窜。 [151]康熙时期，清朝将喀尔喀蒙古并入版图，为乾隆年间平定准噶尔奠定基础。
康熙帝亲政后，着手强化皇权。他一方面勤于政务，举行御门听政； [144]另一方面，他在康熙十六年（1679年）设立南书房，“拣择词臣才品兼优者充之”。 [145]削弱了满洲议政王大臣会议以及外朝内阁的权力，强化了皇权。而且着手整顿吏治，恢复了京察、大计等考核制度。康熙帝还采取了一系列有利于社会经济恢复和发展的措施。1669年，康熙下令废除圈地令，以后永远停止圈地，并规定所圈土地应退还给农民。 [147]从1671年起，陆续放宽垦荒起科年限，并规定垦荒有成绩，据开垦多少，给予不同官职，这促进了垦荒的积极性。到康熙末年，全国荒地基本上得到开辟。1685年，康熙又规定民间新垦田亩，“自后永不许圈”，从而在一定程度上限制了贵族旗主的经济扩张，有利于自耕农民。康熙还下令将明朝藩王的庄田改为“更名田”。 [46]康熙五十一年（1712年）清廷决定，以康熙五十年（1711年）的丁税额数作为定额，以后新增人丁，不收丁税， [146]即所谓“盛世滋生人丁，永不加赋”。这样丁税额数便固定下来了，实现了地丁合一。
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